Biserica Nouapostolică cunoaşte cele trei sacramente lăsate de Dumnezeu.

Sfântul Botez cu Apă este cel dintâi har oferit de Dumnezeu oamenilor. El reprezintă ştergerea păcatului originar şi primirea în comuniunea celor ce cred în Isus Hristos şi care Îl mărturisesc ca pe Domnul lor. Şi copiii pot primi sacramentul Sfântului Botez. Atunci când sunt botezaţi copii, părinţii acestora vor mărturisi pentru ei credinţa în Evanghelie.

Sfânta Cină este o sărbătoare a bucuriei şi recunoştinţei. Ea aminteşte de jertfa prin moarte a Fiului lui Dumnezeu, Care, deşi era fără de prihană, S-a jertfit şi a fost crucificat pentru păcatele omenirii. "Trupul şi sângele" lui Isus sunt oferite astăzi prin pâine şi vin, sub formă de ostie. Prin primirea cu credinţă a Sfintei Cine, omul primeşte în el Fiinţa lui Isus şi primeşte astfel forţe noi, pentru a putea birui tot ceea ce ar putea sta în calea izbăvirii veşnice a sufletului.

Sfânta Pecetluire este sacramentul prin care se revarsă Sfântul Duh. Cele două sacramente, Sfîântul Botez cu Apă şi Sfânta Pecetluire, reprezintă împreună renaşterea din apă şi Duh. Cel renăscut este mădular al trupului lui Isus Hristos şi moştenitor al slavei viitoare. Ca şi în biserica veche, astăzi Sfântul Duh este dăruit de către apostoli prin punerea mâinilor asupra capului celor ce urmează a fi pecetluiţi (copii şi adulţi).